南京审计大学继续教育学院负责南京审计大学成人高等教育、自学考试和各类人员在职培训等。南京审计大学继续教育学院与南京审计大学管理干部学院两院合一，实行两块牌子、一套班子的运行模式。南京审计大学继续教育学院内设有综合办公室、成人教育部、自学考试部、培训中心四个管理部门。